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Télécharger
une version
Aller sur la page des
sources et choisir une
version. Dézipper et détarer le fichier qui s'ouvre en plusieurs répertoires
et sous-répertoires, SYMPHONIE2010, REGION qui contiennent respectivement
les sources du code, les fichiers d'entrée pour paramétrer le modèle,
les fichiers de sortie de graphique. |
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Environnement
de travail
Une approche communautaire:
l'environnement de Symphonie s'est inspiré du système Drakkar/Nemo
dont Symphonie2010 reprend l'essentiel du principe et de la terminolgie,
dans une version néanmoins simplifiée visant à mieux répondre à la
diversité des attentes des utilisateurs. Cet environnement 2010 est
également proche de celui utilisé par l'équipe R&D du modèle MARS
(Ifremer). L'équipe R&D de Sirocco remercie Valérie Garnier (Ifremer)
qui a largement contribué à l'élaboration de l'environnement que nous
détaillons maintenant.
Vue
d'ensemble des répertoires SOURCES, UDIR, RDIR, CDIR
& REGION:
L'espace de travail se divise
schématiquement en deux répertoires: un répertoire de calcul
et un repertoire de stockage de fichiers, respectivement nommés
SYMPHONIE2010 et REGION dans les exemples donnés en figure
1. L'environnement de travail est contenu dans
les archives. Télécharger une version du modèle revient donc
à télécharger également son environnement de travail.
Le répertoire de stockage contient
les fichiers d'entrée/sortie de la simulation, tels que la position
et la profondeur des points de grille, les fichiers notebook
servant à paramétrer le modèle, les fichiers de forçage (météo,
fleuves, ogcm, marée etc...), l'archivage des résultats de la
simulation, divers diagnostiques... Ce répertoire est en principe
étroitement lié à une zone d'étude, une configuration géographique,
un projet (ex: GASCOGNE, ECOOP, etc...). Il peut être unique
ou multiple, selon le type d'organisation (un répertoire pour
la météo, un autre pour l'ogcm etc etc...).
Le répertoire de calcul est subdivisé en sous-repertoires.
Le sous-répertoire SOURCES contient les routines "sources"
du modèle. L'utilisateur ne doit pas y intervenir. Le répertoire
UDIR contient le fichier parameter dans lequel
les diverses dimensions du système (en particulier les dimensions
de la grille 3D) sont définies. Le répertoire UDIR contient
éventuellement quelques routines spécialement modifiées par
l'utilisateur. Le répertoire UPDATE contient (à titre
indicatif) les dernières mises à jour de la version en cours.

Figure 2: Compilation avec le fichier makefile
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Figure
1: Espace de travail divisé en deux répertoires principaux:
calcul (haut) et stockage (bas).
La compilation s'effectue
avec le fichier makefile depuis le répertoire UDIR
(figure 2). L'ordre de compilation est: make ifort=on.
Les routines du répertoire UDIR sont prioritaires
sur les routines du répertoire SOURCES. Le makefile peut
être facilement modifié pour prendre en compte des répertoires
supplémentaires afin d'affiner la classification et sa hiérarchie
de priorités (études pluridisciplinaires, tests de sensibilité,
multi-intervenants etc...).
Le répertoire UPDATE n'est pas
techniquement indispensable dans la mesure où les mises à jour
des routines sont également présentes dans le répertoire SOURCES.
Il peut être par conséquent supprimé par l'utilisateur mais
il renseigne néanmoins utilement sur les mises à jour successives
du modèle.
Les fichiers files.o et files.f90
produits par la compilation sont dirigés vers le répertoire
CDIR.
L'exécutable produit par la compilation se
nomme symphonie.exe. Il est dirigé vers le répertoire
RDIR. C'est depuis ce dernier qu'est donné l'ordre de
lancement de la simulation. RDIR doit contenir le fichier
notebook_list qui indiquira le chemin d'accés aux autres
notebooks (situés dans le répertoire de stockage). RDIR
contient enfin un sous-répertoire tmp destiné à collecter
les fichiers temporaires produits par la simulation, un répertoire
restart_output où un fichier de redémarrage est écrit
à la fin de la simulation, un répertoire restart_input
dans lequel l'utilisateur place le fichier pour initialiser
la simulation avec la solution d'un précédent run.
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Créer
une nouvelle configuration:
L'arborescence générale
peut héberger
plusieurs configurations. En pratique, les répertoires
principaux décrits ci-dessus sont subdivisés en
autant de sous-repertoires que de configurations (voir figue
3). Les configurations peuvent être facilement générées
avec la commande mkconfdir que l'on trouve dans
le répertoire SYMPHONIE2010. La syntaxe est "mkconfdir
CONFIG_1". Cette commande crée automatiquement
une architecture complète: UDIR/CONFIG_1 (où l'on trouvera parameter
et un makefile correctement configuré), RDIR/CONFIG_1
(notebook_list, symphonie.exe, sous-répertoires tmp, restart_output
& restart_input), et enfin CDIR/CONFIG_1.
La commande removeconfdir permet
de supprimer complètement une configuration donnée (sans incidence
sur les autres configurations). La syntaxe est "removecondir
CONFIG_1".
La
commande mkregiondir (exemple: mkregiondir
REGION) permet de créer un répertoire contenant les
notebook |

Figure
3 : Vue détaillée des sous-répertoires
associés aux différentes configurations
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Compiler
le programme
Cette
étape nécessite un compilateur fortran 90 (ifort, f95, pgf), une librairie
netcdf, la librairie libpoc. Eventuellement demander conseil à l'équipe
de développement de Symphonie. La compilation
est exécutée sous le répertoire SYMPHONIE2010/UDIR/CONFIG où
se trouve le fichier makefile. Dans ce dernier on trouvera le chemin
d'accés aux différentes librairies netcdf. Eventuellement modifier
ce dernier en fonction de l'organisation de votre système. L'ordre
de compilation est "make ifort=on" (si ifort choisi). Les objets
de la compilation et l'éxécutable (nommé symphonie) se trouvent dans
le sous-répertoire SYMPHONIE2010/CDIR/CONFIG. La simulation
est lancée depuis le répertoire SYMPHONIE2010/RDIR/CONFIG avec
l'ordre symphonie.exe
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Les
routines
Les programmes de symphonie sont distribués dans
plusieurs sous-répertoires. Dans SOURCES se trouve l'essentiel
des sous-programmes constituant le code. Il s'agit d'un espace où
l'utilisateur ne doit pas intervenir. Dans updateversion_ddmmyy
on trouve les sous-programmes ayant fait l'objet de modifications
depuis la version 2010.1. Ces répertoires sont fournis à titre
d'information. Ils peuvent être supprimés par l'utilisateur. Il est
possible de consulter des
notes
décrivant les modifications.
Notons que l'entête des sous-programmes contient l'historique des
modifications depuis 2001 pour chaque sous-programme. Dans UDIR/CONFIG,
on trouve des sous-programmes faisant l'objet de modifications par
l'utilisateur. |
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Les
dimensions
Les dimensions du problème sont définis
dans le fichier parameter. Ce fichier, considéré comme
temporaire puisque changeant d'une simulation à une autre, est placé
dans le répertoire SYMPHONIE2010/UDIR/CONFIG. En premier lieu,
définir la taille de la grille 3D via les paramètres mglb, nglb, nr.
Toute modification du fichier entraîne la compilation du code. |
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Introduction
aux fichiers notebooks
La simulation est paramétrée à l'aide de
fichiers notebooks. Tout commence par
notebook_list
qui contient la liste (non-exhaustive) des différents
notebooks. notebook_list est placé dans le répertoire d'où sera lancée
la simulation, autrement dit SYMPHONIE2008. notebook_list indique
avant tout le chemin d'accés aux autres notebooks qui, par souci d'organisation,
seront placés dans un répertoire dédié. Dans notre exemple, ce répertoire
est nommé 'NOTEBOOK'. Dans notebook_grid
on trouve le paramétrage de la grille horizontale
(résolution, paramètre de la projection mercator, rappel des dimensions
de la grille). Dans notebook_bathy
on indique le fichier contenant les valeurs
du masque terre/mer et de la bathymétrie en chaque point de grille,
ainsi que des options de pré-traitement de la bathymétrie lors de
la phase d'initialisation de la simulation. Dans notebook_vertcoord,
on définit le type de grille verticale (sigma simple, généralisée,
hybride sigma/escalier). Les conditions aux limites ouvertes (essentiellement
les paramètres de la couche périphérique de rappel) sont définies
dans notebook_spongelayer. Les apports fluviaux sont paramétrés dans
notebook_rivers (lieu de l'embouchure, orientation, fichiers externes,...).
Les viscosités sont définies dans notebook_visco
(Seuil sur Cd, Asselin, coefficients du schéma
de TKE,...), et dans notebook_advection (calibration des fonctions
de régularité,...). La paramétrisation du modèle optique est définie
dans notebook_optical.
Voir aussi notebook_eqstate (paramétrisation
de l'équation d'état), notebook_airseaflux & notebook_airseaflux_interponline
(flux air/mer), notebook_obcforcing & notebook_obcforcing_interponline
(champs OGCM aux frontières ouvertes), notebook_tide (forçage par
la marée), notebook_rivers
(apports fluviaux), notebook_graph (sélectionner
les variables à écrire dans le fichier graphique), notebook_time (début
et fin des simulations,...). Les dates de débuts et de fin de simulations,
les dates des fichiers de visualisation graphique, la création et/ou
lecture de fichiers de redémarrage sont définis dans notebook_time.
Voir aussi: Les
fichiers notebooks en détails. |
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SYMPHONIE release
REAL
TIME FORECAST in North-Western Mediterranean (CASCADE projet)
REAL
TIME FORECAST of the Pacific coast of Japan
PhD
proposition: Budget of biogenic elements on the Gulf
of Lion shelf and offshore transport. More
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Energy transfers in internal tide generation,
propagation and dissipation in the deep ocean
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Floor
J.W., Auclair F., Marsaleix P., 2011 Ocean Modelling
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The energy transfers associated with
internal tide (IT) generation by a semi-diurnal surface tidal wave
impinging on a supercritical meridionally uniform deep ocean ridge
on the f-plane, and subsequent IT-propagation are analysed using
the Boussinesq, free-surface, terrain-following ocean model Symphonie.
The energy diagnostics are explicitly based on the numerical formulation
of the governing equations, permitting a globally conservative,
high-precision analysis of all physical and numerical/artificial
energy transfers in a sub-domain with open lateral boundaries.
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