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Explications du notebook_grid:

     Dans notebook_grid on trouve le paramétrage de la grille horizontale. Deux méthodes sont possibles pour générer la grille. A chacune correspond un notebook_grid type. La première méthode est une projection Mercator (référence Haltiner & Williams). On active cette méthode en fixant TYPEGRID=1 (ligne 10). Un exemple de notebook_grid est donné ci-dessus à gauche (fond jaune). La deuxième méthode consiste à fixer la résolution en longitude et latitude. On active cette méthode en fixant TYPEGRID=2 (ligne 10). Un exemple de notebook_grid est donné ci-dessus à droite (fond bleu). La méthode 2 n'est pas disponible avant symphonie2008.13. Toutes les fonctionnalités d'imbrication de grille ne sont pas encore disponibles avec la méthode 2.


Méthode 1: projection Mercator: (exemple ci-dessus à gauche, fond jaune)

       Elle est activée en fixant TYPEGRID=1 (ligne 10). DXB et DYB (lignes 1 & 2) donnent la résolution, en mètres, pour les deux axes de la grille horizontales. Cette dernière n'est qu'indicative. Elle n'est exacte que lorsque la latitude correspond à une latitude de référence donnée par PHI0 (ligne 3). LONGI0 et LATIT0, (lignes 4 et 5), sont la longitude et la latitude (degrés) d'un point de référence sur la grille dont les indices horizontaux (i,j) sont donnés en lignes 7 et 8. ANGLE0 est un angle (degrés) de rotation de la grille par rapport à la direction Nord-Sud afin par exemple d'aligner les axes de la grille sur l'orientation locale de la ligne de côte, du talus,... Notons que si les angles sont entrés en degrés décimaux, les variables manipulées par le modèle sont converties en radians aprés lecture du fichier. RAYONTERRE (ligne 9) est le rayon de la terre en mètres. Depuis la version 2010.3 POLE_LON et POLE_LAT permettent de distinguer le pôle de la grille et le pôle Nord. Les paramètres entrés en lignes 3 à 5 sont relatifs au pôle de la grille.


Méthode 2: Incrément de longitude et latitude constant: (exemple ci-dessus à droite, fond bleu)

      Elle est activée en fixant TYPEGRID=2 (ligne 10 ). DLON et DLAT (lignes 1 & 2) donnent la résolution, en degrés, pour les deux axes de la grille horizontales. Ces derniers sont alignés sur les axes Ouest-Est & Nord-Sud, autrement dit la fonctionnalité ANGLE0 du cas précédent n'existe pas. LONGI0 et LATIT0, (lignes 4 et 5), sont la longitude et la latitude (degrés) d'un point de référence sur la grille dont les indices horizontaux (i,j) sont donnés en lignes 7 et 8. RAYONTERRE (ligne 9) est le rayon de la terre en mètres.

Modèle 2D barotrope: Il est possible d'utiliser Symphonie en mode barotrope uniquement, le modèle se résumant alors aux seules équations "shallow water", les termes de couplage avec la physique 3D étant annulés. Pour cela kmax (ligne 12) doit être égal à 1 (dans les fichiers notebook_grid et parameter).


Modèle 1D vertical: Il est possible d'utiliser Symphonie en mode 1D vertical en fixant I1D=0 (ligne 11). Pour les autres cas fixer I1D=1.

Dimensions de la grille: elles sont données par iglb jglb kmax (ligne 12). Attention, ces valeurs doivent concordées avec celles entrées dans le fichier parameter.

Description of notebook_grid:

     Here we find the parameters related to the horizontal grid. Two methods are available in order to build the grid. Each of them corresponds to a particular notebook_grid. Method 1 is based on a Mercator projection (reference: Haltiner & Williams). Method 1 is activated if TYPEGRID=1 (line 10). An example of notebook_grid is given in the later case (see above, left panel, yellow font). Method 2 consists in fixing the horizontal resolution through constant longitude and latitude increments. Method 2 is activated if TYPEGRID=2 (line 10). An example of notebook_grid is given in this second case (see above, right panel, blue font). Beware that method 2 is not available before symphonie2008.13. Also note that some of the fonctionalities of the nesting strategy have not been implemented yet in the case of method 2.


Method 1: Mercator projection: (see the above example, left panel, yellow font)

        Method 1 is activated if TYPEGRID=1 (line 10). DXB and DYB (lines 1 & 2) give the resolution, in meters, for the two horizontal axis. Note that the later parameters are approximately indicative of the resolution. Resolution exactly corresponds to DXB and DYB when the latitude of grid nodes is equal to a latitude of reference defined by PHI0 (line 3). LONGI0 et LATIT0, (lines 4 et 5), are respectively the longitude and the latitude of a reference point. The position (i,j) of the later on the numerical grid is given by lines 7 & 8. ANGLE0 is the angle (degree) between the Oy grid axis and the South-North direction (grid can for instance be rotated in order to be in better accordance with the main direction of the coast line). Note that if angles are expressed in degrees, the corresponding model variables are converted into radians. RAYONTERRE (line 9) is the radius of earth, in meters. Since the 2010.3 version, POLE_LON and POLE_LAT permit to distinguish the pole of the grid and the North pole. Parameters specified on lines 3 to 5 are related to the grid pole.


Method 2: Constant longitude and latitude increment: (see the above example, right panel, blue font)

     Method 2 is activated if TYPEGRID=2 (line 10). DLON and DLAT (lines 1 & 2) give the resolution, in degrees, for the two horizontal grid axis. The laters coincide with the West-Est and South-North directions. In other words, the functionality ANGLE0 of the previous method is not yet available. LONGI0 et LATIT0, (lines 4 et 5), are respectively the longitude and the latitude of a reference point. The position (i,j) of the later on the numerical grid is given by lines 7 & 8. RAYONTERRE (line 9) is the radius of earth, in meters.

A two-dimensional barotropic model: it is possible to compute the external mode indepently from the full three-dimensional equations. The model then relies solely upon the "Shallow Water" equations, the coupling between the internal and external modes being ignored. This configuration is activated if kmax=1 (line 12). See also the parameter file.

A one-dimensional vertical model can be computed if I1D=0 (line 11). I1D=1 in the other cases (i.e. 2D, 3D).

Size of the grid: the number of grid nodes in the three directions is given by iglb jglb kmax (line 12). Warning: the values entered in notebook_grid have to be the same as those entered in the parameter file.

Entrer le seuil d'épaisseur de la colonne d'eau en dessous duquel on applique la paramétrisation des bancs découvrants pour le calcul de T et S. Ce paramètre a été ajouté avec la version 2010.3

Description of notebook_vertcoord

       Notebook_vertcoord concerns the choice of the vertical coordinate. There are kmax cell boxes at the center of wich are computed u,v,T,S and kmax+1 upper and lower facets where the vertical velocity and the turbulence variables are computed. IGESIG (line 1) permits to choose between a standard sigma coordinate (IGESIG=0) and a generalised coordinate (IGESIG=1).

Sigma standard coordinate: IGESIG=0. dz(i,j,k)=H(i,j)*ds(k), the vertical size of the cell box, is the product of H(i,j), the total water column thickness, and ds(k), a dimensionless vertical scale factor only depending on the vertical index k. The vertical integral ds(1:kmax) is equal to 1. When ISIGFILE=0 (line 2) the vertical layers are homogeneous, i.e. ds(k)=1/kmax is constant. (see also the calculus performed in sigma_levels.F). If ISIGFILE=1 the user defines the vertical distribution ds in a specific file, dsigma.in, located in the notebook directory. It is an ascii file with kmax lines, each line corresponding to a level of the vertical grid. Note that the vertical axis is pointing upward. The first line dsigma.in (k=1) corresponds to the deepest layer et the last line, (k=kmax), corresponds to the surface layer. The file is read in the sigma_levels.F routine. The user should be aware that the vertical sum of ds should be equal to one. If not, the distribution is adjusted by the model during the initialisation stage.

Generalised coordinate: IGESIG=1. dz(i,j,k)=H(i,j)*ds(i,j,k). Now ds dépends on the 3 grid indexes in order to take into account several constraints, for instance to maintain the vertical resolution near the surface when H(i,j) becomes important. A generalised vertical grid is proposed in notebook_vertcoord. The building of the grid is done in 2 steps. Step 1, that can be considered as a first guess, consists in building a sigma standard coordinate. Step 2 adjusts the first guess to a set of constraints that are controled by HGESIG and PGESIG (lines 3 et 4). As far as step 1 is concerned, users have to choose between ISIGFILE=0 ,if a constant vertical distribution is used, and ISIGFILE=1, if the vertical distribution is read from the dsigma.in file. Step 2 is based on the assumption that the standard sigma coordinate leads to a satisfying vertical resolution provided that the bathymetry remains lower than a reference bathymétry given by HGESIG (line 3). Consequently the standard sigma coordinate is used when h<HGESIG. When h>HGESIG, the vertical resolution provided by the standard sigma coordinate near the surface (or near the bottom) is considered insufficient to represent some major features of surface or bottom boundary layers (turbulent surface or bottom layers, euphotic layer, nepheloid layers,...). Step 2 thus aims at maintaining the resolution near the surface or near the bottom, by staying close to the resolution obtained with the standard sigma coordinate when h=HGESIG. Depending on the value of PGESIG (line 4), priority is given to enforce the resolution near the surface (PGESIG=100) or near the bottom (PGESIG=0). Intermediate values (0<PGESIG<100) enable to enforce the vertical resolution near the surface and the bottom.


Hybrid Sigma-Step Coordinate: The sigma coordinate has two main shortcomings. The first one is to deteriorate the accuracy of the numerical schemes, notably the pressure gradient force accuracy. The second shortcoming is to possibly lead to an excess of resolution in very shallow areas. An hybrid coordinate combining the sigma coordinate and the geopotential coordinate is selected if IHYBSIG (line 5) is different from 0. This hybrid coordinate is expected to meet the advantages of the two systems (accuracy of the pgf, reasonable resolution in shallow areas, accuracy of the bathymetry and of the bottom boundary layer). Two approaches are proposed.

Approach 1: concerning the first aforementioned shortcoming (losing pgf accuracy) the strategy is to skip a level when the slope of the bathymetry (and thus the slope of the sigma level) is too important. The retained criterion is given by the well known concept of hydrostatic inconsistency. The generation of the grid is based on an iterative method, NHYBSIG (line 6) defining the number of iterations (see also the mix_sig_step.F90 routine). The cpu related to this step is rather important (NHYBSIG being of the order of 1000) the resulting grid is stored in a file, so that following simulations will not have to compute the grid again, but simply load if from its storage file.

Approach 2: Concerning the second shorcoming of the sigma coordinate, the followed strategy is to limit the number of vertical levels in shallow areas. two bounding values of bathymetry, HSTEPMIN (line 8) and HSTEPMAX (line 9) define a zone where the total number of vertical levels linearly varies from NBVSTEPMIN (line 7) to kmax. This number can not be higher than and lower than NBVSTEPMIN. Approach 2 can be combined witg approach 1 provided that a non zero value is specified for NHYBSIG (line 6): firt we generate the grid file (IHYBSIG=1) the grid of the following simulations will be loaded from (IHYBSIG=2). Approach 2 can be used without the iterative process of approach 1 provided that NHYBSIG=0 (line 6) and IHYBSIG (line 5) different from zero (i.e. 1 or2)

."Partial Step" coordinate: select IGESIG=2 on line 1. Line 10 indicates the text file containing the depth of the vertical of a 1D vertical geopotential grid (a single column starting form the surface, z<0). Thanks to the partial step coordinate, the lowest level is adjusted to the depth of the see floor, the other levels being geopotential (note that the second lowest level can be also adjusted in order to avoid that the lowest cell become to narrow).

"Partial Step" coordinate combined to a sigma coordinate: Select IGESIG=3 (line 1). Line 10 indicates the text file containing the depth of the vertical of a 1D vertical geopotential grid (a single column starting form the surface, z<0). A partial step coordinate is applied when the bathymetrie is greater than HGESIG (line 3) and on the other hand a sigma grid is used when h<HGESIG. In order to keep the continuity of the grid, HGESIG should correspond to one of the levels of the 1DV grid file (line 10). Be careful to the conventions: HGESIG is positive and the depth of the 1DV grid file are negative.

Lagrangian vertical gril Grille (ALE method): the ALE grid is used if ALE_SELECTED=1 (0 otherwise) on line 11. Note that the ALE method can not be selected if the "partial step" or the "partial step combined to the sigma coordinate" are not used.

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Description of notebook_spongelayer

Define the parameters of the lateral nudging (or sponge) area and obc conditions.

Line 1:    SPONGE_L: Width (in grid nodes) of the nudging/sponge layer        
Line 2:    RELAX_EXT: Nudging time scale (days) for barotropic velocity          
Line 3:    RELAX_INT: Nudging time scale (days) for baroclinic velocity          
Line 4:    RELAX_ES: Time scale (days) for a domain-averaged conserved ssh (unused if <0)        
Line 5:    OBC scheme in external mode. 0=Forced by OGCM, 1=Forced by LF     
Line 6     RELAX_TS: Nudging time scale (days) for T and S                                                       
Line 7:    RELAXTYPE_TS: 2=full grid (T,S) nudging 1=Sponge layer TS nudging 0=unchanged density  
Line 8:    UNUSED - Nudging time scale (days) for bottom pressurend            
Line 9:    OBCTYPE_TS: Type d'OBC pour T et S.                                                                           
Line 10:   UNUSED - Scheme for P OBC

Explications du notebook_spongelayer:

 Largeur de la zone de rappel: notebook_spongelayer sert essentiellement à paramétrer la zone périphérique à l'intérieure de laquelle les variables du modèles sont rappelées vers des variables de référence, en principe fournies par un modèle de plus grande emprise. SPONGE_L (ligne 1) est la largeur (horizontale) de cette zone, exprimée en points de grille. Les termes de rappel s'ajoutent aux équations des tendances pour T, S, U et V. Ils décroissent de manière exponentielle en fonction de la distance à la frontière ouverte. Les échelles de temps associées à la force du rappel correspondent au rappel maximum, c'est à dire à une distance nulle. La force du rappel est 100 fois plus petite à une distance égale à SPONGE_L. Le rappel est imposé nul au delà. Voir initialisation de la zone de rappel dans init_sponge.F.

Echelles de temps: Elles sont exprimées en jours. Si les équations des tendances étaient réduites aux seuls termes de rappel, elles représenteraient le temps nécéssaire pour combler la différence entre la variable et la référence. La force du rappel est donc inversement proportionnelle aux échelles de temps. RELAX_EXT (ligne 2) est l'échelle de temps associée au rappel des composantes du transport (mode externe), RELAX_INT (ligne 3) celle associée à la composante barocline (mode interne) du courant. L'échelle de temps pour la température et la salinité est RELAX_TS (ligne 6). Pour cette dernière, l'utilisateur peut choisir entre un rappel classique, (choisir RELAXTYPE_TS=1, ligne 7), et un rappel laissant la densité inchangée (RELAXTYPE_TS=0). Si RELAXTYPE_TS=2 le rappel s'efectue sur toute la grille (option depuis version 2010.23). Note: par convention le rappel est supprimé si les échelles de temps sont fixées à zéro (et non pas rappel infini).

Conservation de la ssh moyenne: il est possible d'ajuster le bilan de masse aux frontières ouvertes pour garantir que la ssh moyenne suive celle du champs de référence. Cette contrainte peut être vérifiée à chaque itération, auquel cas RELAX_ES=0 (ligne 4), ou répartie dans le temps, auquel cas RELAX_TS représente l'échelle de temps en question, en jours. Ceci étant dit l'expérience montre que cette contrainte est inutile lorsque l'on utilise la condition aux limites de Flather et nous conseillons de ne pas l'employer en fixant RELAX_TS à une valeur négative (convention).

Ne pas modifier: certains paramètres ont été placés dans notebook_spongelayer à la convenance du développeur afin de tester plus facilement telle ou telle option. Il est conseillé à l'utilisateur de ne pas modifier ces valeurs, ci-dessus apparaissant en bleu (lignes 5, 8, 9 & 10)

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3                              EQS_STATE1
1                              EQS_STATE2
0                              EQS_STATE3
11.6352062               T0
35.1110878               S0
0.000184280361        ALP_T
0.000757332833        ALP_S
1026.74524               RHO
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TYPE DE SCHEMA D'ADVECTION:
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0              T & S.                                                         IADVEC_TS
0              Bio ou Sediment                                          IADVEC_BIO
1.           0.=0% 1.=100% du limiteur de flux horizontal CST_ADV_HOR
0.01           0.=0% 1.=100% du limiteur de flux vertical     CST_ADV_VER
0.5                                                                              CST_ADV_VEL

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Enter the time for the start and the end of the simulation:
2009 01 13 00 00 00 ! Start time (yyyy mm dd mm hh ss)
2009 01 30 00 00 00 ! End time  (yyyy mm dd mm hh ss)
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Initial state:
0 ! 0> Standard procedure >1 Start from the end the previous simulation INITIAL
0 ! 1> Periodicity (in days) of the creation of the restart files  RESTARTFILEPERIOD
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Time step: set the CFL input parameters:
30  ! ratio dt_internal/dt_external                                       ITERATION2D_MAX_NOW
3.   ! A priori maximum value for the sea surface height (m) CFL_SSHMAX
3.   ! A priori maximum value for the current (m/s)               CFL_UMAX
0.9 ! A priori attenuation factor for the CFL first guess         CFL_REDUCE
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0    ! 0> Standard procedure -1> Stop the simulation at the end of the initialization RUN_OPTION
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Description of Notebook_time:

     This file is used to define the dates of the beginning and the end of the simulation (lines 1 and 2). You can choose to start a new simulation (line 3 INITIAL=0) or to continue a previous simulation that has been saved in a restartfile (line 3 INITIAL=1). When INITIAL=2 then the restart procedure also concerns the biogeochemical or the passive tracers. The simulation will write restart files at regular intervals provided that the interval of writting (given in days at line 4), i.e. RESTARTFILEPERIOD, is positive. No restart files will be written if RESTARTFILEPERIOD<=0. Restart files are written in the RDIR/CONFIG/restart_ouput directory. They will have to be moved in the RDIR/CONFIG/restart_input directory in order to restart a future run.

 External Mode:  
    ITERATION2D_MAX_NOW (line 5) gives the number of iterations within an external mode interval, the latter corresponding to one internal mode time step. The internal time step is consequently the external mode time step multipled by ITERATION2D_MAX_NOW.

 CFL parameters of the External Mode:
    CFL_SSHMAX CFL_UMAX allow to refine the barotropic CFL used to estimate the biggest stable barotropic time step. They respectively represent a priori maximum values for the sea surface elevation and the background current. CFL_REDUCE is an attenuation factor close to one but smaller than one, required because the use of an Asselin filter lowers the stability of the Leap-Frog time stepping.

Line 9, RUN_OPTION is normally equal to 0. If RUN_OPTION=-1, the simulation is stopped at the end of the initialization stage. This can be useful to check the initial fields.

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Bilan rayonnement ondes courtes (soleil):
/data/marp/meteo_binrec/liste_solarfl
3.00 0.00
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Bilan rayonnement ondes longues atmospherique (IR DESCENDANT):
/data/marp/meteo_binrec/liste_ifrdown
3.00 0.00
______________________________________________________________
Composante Ouest->Est du vent à 10m:
/data/marp/meteo_binrec/liste_uwind10
3.00 0.00
______________________________________________________________
Composante Sud->Nord du vent à 10m:
/data/marp/meteo_binrec/liste_vwind10
3.00 0.00
______________________________________________________________
Pression au niveau de la mer:
/data/marp/meteo_binrec/liste_surfprs
3.00 0.00
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Temperature potentielle à 2m:
/data/marp/meteo_binrec/liste_tepot2m
3.00 0.00
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Humidité spécifique à 2m:
/data/marp/meteo_binrec/liste_humspec
3.00 0.00
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precipitations:
/data/marp/meteo_binrec/liste_precipi
3.00 0.00
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AN MOIS JOUR HEURE MINUTE SECONDE (date du premier fichier de la liste)
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2003 8 1 3 0 0 ! flux solaire
2003 8 1 3 0 0 ! flux thermique
2003 8 1 0 0 0 ! vent OE
2003 8 1 0 0 0 ! vent SN
2003 8 1 0 0 0 ! pression surf
2003 8 1 0 0 0 ! temp pot 2m
2003 8 1 0 0 0 ! hum spec 2m
2003 8 1 3 0 0 ! precipitations
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Organistion des conditions aux limites ouvertes sur l'ocean du large:
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MENU pour champs 3D grandes echelles:
1       ! 0=non, 1=oui
2
nemo_z
/home/marp/simulations/GASCOGNE/OLERON/liste_T
/home/marp/simulations/GASCOGNE/OLERON/liste_S
/home/marp/simulations/GASCOGNE/OLERON/liste_U
/home/marp/simulations/GASCOGNE/OLERON/liste_V
24. ! périodicité (en heures) du forçage OBCINFO(1)
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AN MOIS JOUR HEURE MINUTE SECONDE
...............................................................................
2007 01 01 12 00 00 ! date du premier fichier des listes
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1       !Apply the Inverse Barometer at the OBC      BI_ONOFF

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Organistion des conditions aux limites ouvertes sur l'ocean du large:
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MENU pour champs 3D grandes echelles:
1        ! 0=non, 1=oui
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sympa
/home/marp/simulations/GASCOGNE/OLERON/liste_ogcm_uvts
/home/marp/simulations/GASCOGNE/OLERON/liste_ogcm_grid
none
none
24. ! périodicité (en heures) du forçage OBCINFO(1)
...............................................................................
AN MOIS JOUR HEURE MINUTE SECONDE
...............................................................................
2007 01 02 12 00 00 ! date du premier fichier des listes
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0       !Apply the Inverse Barometer at the OBC      BI_ONOFF

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2                     ! Nombre de Fleuves                                                  NRIVER
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Grand Rhone                                                                                  RIVERNAME
232                 ! position i embouchure                                               IRIVER
47                   ! position j embouchure                                               JRIVER
0                     ! longueur du canal                                                     L_RIVER
4                     !sens: 1=i croissant, 2=jcrois.., 3=idecrois.., 4=jdecroi  RIVERDIR(:)
10                    distance (grid indexes) from the mounth where upwind advection is applied
2000.             !debit en m3/s par defaut                                              RIVERFLUX(:,1)
5.                    !profondeur à la source                                                H_RIVER(:)
00.00             !salinite à la source                                                      RIVER_S(:)
08.00             !temperature à la source minimum annuelle                   RIVER_TMIN(:)
24.00             !temperature à la source maximum annuelle                  RIVER_TMAX(:)
1                     !1 lecture du debit dans un fichier 0 sinon                    REALRIVER(:)
24.                  !resolution temporelle (en heures) du fichier debit         RIVERINFO(:)
../../REGION/grand_rhone010198_031108.binrec
1998 01 01 12 00 00 ! an mois jour h m s pour NC=1
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Petit Rhone
199                 ! position i embouchure
87                   !position j embouchure
etc... etc....

Explications du notebook_rivers:

notebook_rivers permet de paramétrer les fleuves. NRIVER (ligne 1) indique le nombre de point d'entrée.

Position: RIVERNAME (ligne 3) indique le nom du fleuve. IRIVER et JRIVER (lignes 4 et 5) indiquent la position (i,j) de l'embouchure sur la grille horizontale. Cette position doit correspondre à un point de grille continental (masque nul) contigu à un point de grille en mer (masque=1). Le fichier contenant le masque (fichier indiqué en ligne 1 de notebook_bathy) permet de visualiser rapidement la situation et vérifier la concordance de la position et du masque (si vous éditez le fichier avec un éditeur affichant les numéros de ligne et colonne, ces derniers correspondent exactement aux numéro des indices i et j dans le modèle). Si la concordance n'est pas bonne, la simulation est stoppée en phase initiale, un message d'avertissement s'affichant à l'écran.

Canal: Il est possible d'ajouter un canal dans le masque, pour mieux représenter un éventuel "coin salé", dans le cas où cette étape n'aurait pas été préalablement réalisée au stade de la création de la grille. Un canal peut être rajouté par le modèle lui même au moment de la phase d'initialisation. Pour cela, un canal de longueur non nulle sera indiqué par L_RIVER en ligne 6 (la longueur est exprimée en points de grille). Attention la longueur du canal peut être éventuellement tronquée au moment de la phase d'initialisation, dans le cas de la parallélisation MPI basée sur un découpage en sous-domaines. H_RIVER (ligne 9) indique la profondeur au niveau de la source (en amont du canal), sachant qu'une transition continue entre la bathymétrie à la source et la bathymétrie du premier point de mer, sera adoptée par le modèle pour les points intermédiares du canal (voir routine set_rivers.F).


Orientation: RIVERDIR (ligne 7) indique le sens de l'embouchure: 1 ou 3 si le flux est aligné sur l'axe i dans le sens croissant ou décroissant, 2 ou 4 si le flux est aligné sur l'axe j dans le sens croissant ou décroissant.

Schéma d'advection: en ligne 7b on indique la distance (donnée en points de grille depuis l'embouchure) d'application du schéma d'advection upwind sur les traceurs.

Conditions aux limites amont: Si aucun fichier de débit n'est prévu, RIVERFLUX (ligne 8) indique un débit constant en m3/s. RIVER_S (ligne 10) indique la salinité entrante. RIVER_TMIN et RIVER_TMAX (lignes 11 et 12) indiquent les températures entrantes au moment le plus froid (février) et le plus chaud (aout) de l'année (transition par fonction cosinus).

Fichiers: REALRIVER=1 (ligne 13) si on dispose d'un fichier de débit, sinon REALRIVER=0. RIVERINFO (ligne 14) indique la résolution temporelle (en h) des données. La ligne 15 indique le fichier. La ligne 16 indique la date (an mois jour heure minute seconde) de la première donnée du fichier. Pour information, ce fichier est au format binaire avec accés direct (type réel, taille du record: RECL=4). La ligne 16 indique donc la date pour le record numéro 1. Les fichiers sont lus par la routine river_upd.F.

Fichier parameter: DIM_RIVER>=NRIVER

Description of notebook_rivers:

notebook_rivers permits to define the parameter of the rivers. NRIVER (line 1) indicates the number of grid points with a river input.

Location: RIVERNAME (line 3) indicates the name of the river. IRIVER et JRIVER (lines 4 and 5) indicate the location (i,j) of the river mouth on the horizontal grid. The location must correspond to an inland grid node (mask equal to zero) contiguous to a grid point located in the sea (mask equal to one). The file containing the mask (indicated on line 1 of notebook_bathy) enables a quick visualization of the situation so that the consistency of the IRVER and JRIVER with the grid mask can easily be checked. Note that if the mask file is openened with a text editor displaying the line and column number, the latter exactly corresponds to the indexes (i,j) of the grid node in the model. If IRIVER and JRIVER are not compatible with the mask, the simulation is stopped during the initialisation stage and a warning message is displayed on the screen.

Waterway: it is possible to introduced a waterway in the inland mask, in order to better represent a possible intrusion of sea water in the river mouth. Normally, waterways should be introduced at the stage of the mask processing. If not, they can be introduced by the model itself during the initialisation stage, provided that the lenght of each waterway is properly indicated by L_RIVER (line 6). L_RIVER=0 otherwise. The lenght of the waterway is expressed in grid nodes. Beware that the lenght of the waterway can be truncated during the initialisation phase in the case of our MPI parallelisation based on the splitting of the numerical domain into several sub-domains. H_RIVER (line 9) gives the bathymetry (m) at the upstream bound of the waterway. The bathymetry of the other grid nodes of the waterway will be interpolated from H_RIVER and the bathymetry at the downstream bound of the waterway, i.e. the first sea point in front of the river mouth (see set_rivers.F routine).

Direction: RIVERDIR (line 7) indicates the direction of the river mouth axis. The river flow is either along the i-increasing axis (RIVERDIR=1), the i-decreasing axis (RIVERDIR=3), the j-increasing axis (RIVERDIR=2) or the j-decreasing axis (RIVERDIR=4).

Advection scheme: line 7b gives the distance (grid indexes) from the mounth where upwind advection is applied

Upstream boundary conditions: in case no discharge file is available, RIVERFLUX (line 8) indicates a constant water input in m3/s. RIVER_S (line 10) gives the upstream salinity. RIVER_TMIN and RIVER_TMAX (lines 11 et 12) indicate the upstream temperature at the coldest time (february) and warmest time (Agust) of the year (using a cosinus transition in between).

Data files: REALRIVER=1 (line 13) if a water discharge file is available, otherwise REALRIVER=0. RIVERINFO (ligne 14) indicates the time (hours) between two consecutive data discharges. Line 15 indicates the file name (including the directory). Line 16 indicates the time (y, m, d, h, m, s) of the first data discharge of the file. Note that we use binary files with direct access a real data type (record length = 4). In other words line 16 gives the time of Record One. Files are read by the river_upd.F routine.

parameter File: DIM_RIVER>=NRIVER

1
.

2
3
4
5
.
6
7
8
9
10
11

********************************************************************************
2 ! number of tidal harmonics (0 if no tide)                                                                    KMAXTIDE
********************************************************************************
Forces (OBC, potential) & Post-Processing (harmonic analysis):
1        0 waves+2 pot., 1 waves+astro. pot., 2 waves+load. pot., 3 waves & no pot.           TIDEFORCES
1        1 harmonic analysis switched on, 0 off.                                                                TIDEANA_YESNO
1.       Spinup (days) before the harmonic analysis starts                                                 TIDEANA_SPINUP
0.1     Sampling (hours) of the simulation for the harmonic analysis (if <=0 each iteration)  TIDEANA_DELTA
_________________________________________________________________
/home/marp/simulations/GASCOGNE/TIDES/M2.nc
/home/marp/simulations/GASCOGNE/TIDES/M2.nc
/home/marp/simulations/GASCOGNE/TIDES/M2.nc
/home/marp/simulations/GASCOGNE/TIDES/2000/M2_nodal.txt
2                                         type                                                          NUTIDE(:)
0.242334                          Equilibrium Amplitude (m) (ref: Apel p215)       EQUITIDE(:)
_________________________________________________________________
/home/marp/simulations/GASCOGNE/TIDES/K2.nc
/home/marp/simulations/GASCOGNE/TIDES/K2.nc
/home/marp/simulations/GASCOGNE/TIDES/K2.nc
/home/marp/simulations/GASCOGNE/TIDES/2000/K2_nodal.txt
2
0.030704
_________________________________________________________________

1
2
3
4

********************************************************************************
Output fields for graphics:
../../../GRAPHIQUES/REGION/                                                       DIRGRAPH
0    Si 1 moyenne courant sur durée séparant 2 sorties consécutives. GRH_OUT_MI
1   ! 1> regular in time 2> dates defined in notebook_dateoutput        IDATE_OUTPUT
5.  ! gives the periodicity (in days) if the previous line = 1
In the following lines, the "Output request" is activated if "1" selected
****************************************************************************************************************************************************************
30 emplacements disponibles pour VARIABLES 2D SCALAIRES:   GRH_NB
0 Les flux de chaleur à l'interface air/océan  1                                GRH_OUT_VAR
0 Les amplitudes ondes de marée 2
0 Les phases ondes de marée 3
0 Les amplitudes potentiel de marée 4
0 Les phases potentiel de marée 5
1 Elévation de la surface 6
0 Niveau de fond 7
0 Zone éponge mode interne 8
1 Elévation de forcage 9
0 rappel MPV point X et point Y 10
0 fonctions de courant barotrope 11
0 Elevation - Elevation forcage 12
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
................................................................................
20 emplacements disponibles pour VARIABLES 2D VECTEURS:
0 La tension du vent 1
1 Le courant moyen dans toute la colonne d'eau 2
0 Amplitude u ou v 3
0 Phase u ou v 4
0 Courant moyen forcant 5
0 Courant moyen - courant moyen forcant 6
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
................................................................................
20 emplacements disponibles pour VARIABLES 3D 1/2 NIVEAUX SCALAIRES:
1 Température 1
1 Salinité 2
0 Densité 3
0 Les traceurs passifs 4
0 La température de forcage 5
0 La salinité de forcage 6
0 Analyse harmonique 3D 7
0 le numero du niveau vertical 8
0 Temperature - Temperature de forcage 9
0 Salinite - Salinite de forcage 10
0 vacant......
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
................................................................................
10 emplacements disponibles pour VARIABLES 3D 1/2 NIVEAUX VECTEURS:
1 courant 3D 1
0 courant 3D géostrophique 2
0 courant de forcage 3
0 courant - courant de forcage 4
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
................................................................................
10 emplacements disponibles pour VARIABLES 3D NIVEAUX ENTIERS SCALAIRES:
0 Diffusivité verticale 1
0 Energie cinétique turbulente 2
0 longueur de mélange 3
0 longeur de dissipation 4
0 vitesse omega 5
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
................................................................................
5 emplacements disponibles pour VARIABLES 3D NIVEAUX ENTIERS VECTEURS:
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
0 vacant.....
...............................................................................

*******************************************************************************
Serie de dates de sortie du modèle suite à la selection "2" dans notebook_time
AN     MOIS JOUR HEURE MINUTE SECONDE
...............................................................................
2004      1        4          0          0        0       date sortie graphique 1 (an, mois, jour, heure, minute, seconde)
2004      1        6          0          0        0       date sortie graphique 2...
etc...
etc..

1

2

3
4

5

******************************************************************************
7 Nombre de bouees                                                                                   KBOMAX
******************************************************************************
180 position archivée toutes les X secondes dans bouees.out             BOUEE_MODULO
******************************************************************************
42.9 6.0 -30. 0            ! bouton4=1: i j k, bouton4=0: lat lon z de la bouee
2004 12 15 03 00 00 ! date de "lacher" an mois jour heure minute seconde
******************************************************************************
10 5 29 1                     ! bouton4=1: i j k, bouton4=0: lat lon z de la bouee
2004 12 20 03 00 00 ! date de "lacher" an mois jour heure minute seconde
******************************************************************************
42.9 6.0 -30. 0            ! bouton4=1: i j k, bouton4=0: lat lon z de la bouee
2004 12 25 03 00 00 ! date de "lacher" an mois jour heure minute seconde
******************************************************************************
42.9 6.0 -30. 0             ! bouton4=1: i j k, bouton4=0: lat lon z de la bouee
2004 12 30 03 00 00 ! date de "lacher" an mois jour heure minute seconde
******************************************************************************
42.9 6.0 -30. 0            ! bouton4=1: i j k, bouton4=0: lat lon z de la bouee
2004 01 05 03 00 00 ! date de "lacher" an mois jour heure minute seconde
******************************************************************************
42.9 6.0 -30. 0            ! bouton4=1: i j k, bouton4=0: lat lon z de la bouee
2004 01 10 03 00 00 ! date de "lacher" an mois jour heure minute seconde
******************************************************************************
42.9 6.0 -30. 0            ! bouton4=1: i j k, bouton4=0: lat lon z de la bouee
2004 01 15 03 00 00 ! date de "lacher" an mois jour heure minute seconde
******************************************************************************

1
2
.

3
4
5
.
.
.
.
6
7
8
.
9
10
11
.
.
12
.
.
13
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15
16
17
18
.
.
.
.
.
.
.


19
20
21

22
23
24

************************************************ Do not touch this line please 1
1 ! 1=activer modele de transport sedimentaire 0 sinon IMODELTRC
3 ! Nombre de variables                                                      KBMAX
************************************************ Do not touch this line please 2
Vitesses de chutes en m/s (convention de signe: <0) 1 ligne par variable
-0.            ! variable 1                                                             WSED(:)
-0.0001   ! variable 2
-0.00001 ! variable 3
************************************************ Do not touch this line please 3
Concentration dans chaque fleuve.
Une ligne de séparation par fleuve puis 1 ligne par variable:
fleuve1:
100. ! variable 1
100. ! variable 2
0.      ! variable 3
fleuve2:
00.    ! variable 1
100. ! variable 2
10.   ! variable 3
************************************************ Do not touch this line please 4
Disposer des points sources pour faire des nappes de dipersion
3 ! nombre de points source. Une ligne de separation par source: KSOMAX
................................................................................
source 1:
0 110 19 ! si 1 latitude & longitude de la source si 0 points de grille
1 -50. -0. ! si 1 prof en mètres si 0 niveaux verticaux min et max
1 2 ! numero min et max des variables concernées
0.001 ! tendance à  la source
2004 12 15 06 00 00 Date d'apparition an/mois/j/h/m/s
2004 12 15 06 30 00 Date d'extinction an/mois/j/h/m/s
source 2:
0 110 20 ! si 1 latitude & longitude de la source si 0 points de grille
1 -50. 0. ! si 1 prof en mètres si 0 niveaux verticaux min et max
1 2 ! numero min et max des variables concernées
0.001 ! tendance à la source
2004 12 15 06 00 00 Date d'apparition an/mois/j/h/m/s
2004 12 15 06 30 00 Date d'extinction an/mois/j/h/m/s
************************************************ Do not touch this line please 5
c Date début de calcul pour les differents traceurs:
2004 12 15 03 00 00 Date d'apparition an/mois/j/h/m/s traceur1
2004 12 15 04 00 00 Date d'apparition an/mois/j/h/m/s traceur2
2004 12 15 05 00 00 Date d'apparition an/mois/j/h/m/s traceur3
c Date fin de calcul pour les differents traceurs:
2004 12 15 05 00 00 traceur1
2004 12 15 06 00 00 traceur2
2004 12 15 07 00 00 traceur3

Explications du notebook_tracer:

notebook_tracer permet d'introduire des traceurs passifs dans la simulation. Ces derniers sont calculés par une équation d'advection diffusion analogue à celles utilisées pour T et S. Cette équation comporte en plus un terme de sédimentation verticale. L'équation des traceurs passifs est activée si IMODELTRC=1 (ligne 1). Dans le cas contraire IMODELTRC=0. On peut utiliser plusieurs classes de traceurs. Le nombre de classes est indiqué par KBMAX (ligne 2). La vitesse de sédimentation, négative et en m/s, est donnée par WSED (lignes 3,4,5). Une application possible est de mettre en évidence les panaches des rivières. Pour cela, on donne la valeur de la concentration des traceurs à la sources des fleuves. Cette valeur, sans unité, est fixée arbitrairement (exemples en lignes 6-11). Notons que les traceurs étant initialisés à zéro, les valeurs non nulles seront le seul fait des apports fluviaux. D'autres sources que les fleuves peuvent être introduites. Elles peuvent servir à simuler un rejet de polluants en pleine mer. KSOMAX (ligne 12) indique le nombre de ces sources. On indique la position horizontale par 3 paramètres, le premier indiquant la convention d'unité (1 si la position est en latitude & longitude, 0 si la position est en indices i et j). Un exemple est donné en ligne 13. On donne ensuite la position verticale (en fait les niveaux inférieurs et supérieurs de la source). On utilise pour cela trois paramètres, le premier indiquant la convention d'unité (1 en mètres, 0 en indice vertical k). Un exemple est donné en ligne 14. Les classes concernées (classes min et max) sont également indiquées (ex en ligne 15). Contrairement aux fleuves, on n'indique pas une concentration, mais une tendance (par unité de temps en seconde, exemple en ligne 16). On indique la date d'apparition et d'extinction de chaque source (ex en lignes 17 et 18). On indique également des dates d'apparition et d'extinction pour les différentes classes de traceurs (exemples en lignes 19-24).
 

Fichier parameter: ONOFF_BIO=1 (0 sinon), DIM_BIO=KBMAX (1 sinon), DIM_SOURCE=KSOMAX (1 sinon).

********************************************************************************
Aude
43.2143 3.2415           Latitude Longitude
********************************************************************************
Adour
43.53333 -1.5              Latitude Longitude
********************************************************************************
Loire
47.56 -2.                       Latitude Longitude
********************************************************************************

1

2



3

4

***************************************************************************
MENU pour procedure offline
1        ! 0 Neant. 1 Création préalable des fichiers. 2 Lecture fichiers. IOFFLINE
0        ! None
1.       ! périodicité (en heures) du forçage                                               OFFLINEDT(1)
...............................................................................
AN MOIS JOUR HEURE MINUTE SECONDE
...............................................................................
2004 01 05 01 00 00 ! date création 1er fichier
...............................................................................
../../REGION/OFFLINE

1
2
3
4
5

6
7




8

- Interpolation of the wave model outputs on the symphonie model grid -
______________________________________________________________________________
0                                      ! 0: off / 1: on                                                               IWVE
ww3                                ! wave model type                                                     TXT_WAVEMODELTYPE
1                                      ! wave obc type                                                          WAVE_OBC_TYPE
3.                                     ! periodicity (hours) of the wave model outputs      WAVEDT(1)
2007 02 01 00 00 00    ! time (y/m/d/h/m/s) of the first field                          WAVEDT(2)
..............................................................................
/data/marp/WW3_2007/file_list_t.txt           ! file list for the wave period
/data/marp/WW3_2007/file_list_hs.txt       ! file list for the wave significant height
/data/marp/WW3_2007/file_list_dir.txt       ! file list for the wave direction
...
....

8                                      ! Number of fields per file WAVEDT

Notice:
http://sirocco.omp.obs-mip.fr/outils/Symphonie/Documentation/notebook.htm#wave

Liens

INSU

LA

LEGOS

OMP

POC